Інструкції користувачам

Під'єднання

Під’єднання до обчислювального кластера МЦКМ здійснюється за допомогою протоколу SSH з використанням двофакторної автентифікації (2FA) на сервер west3.icmp.lviv.ua, який виконує роль керуючого вузла кластера.

Доступ надається виключно авторизованим користувачам після реєстрації та погодження облікового запису. Під час під’єднання користувач повинен пройти стандартну процедуру автентифікації, яка включає:

• введення імені користувача та пароля;

• підтвердження входу за допомогою одноразового коду (OTP).

Менеджер керування задачами SLURM

На обчислювальному кластері МЦКМ для керування обчислювальними задачами використовується система SLURM (Simple Linux Utility for Resource Management, https://slurm.schedmd.com).

SLURM забезпечує:

• розподіл обчислювальних ресурсів між користувачами;

• планування та запуск задач у чергах;

• контроль використання CPU, GPU та оперативної пам’яті;

• моніторинг стану задач і вузлів кластера.

Усі обчислювальні задачі повинні запускатися виключно через SLURM. Запуск програм безпосередньо на обчислювальних вузлах або на керуючому вузлі заборонений.

Користувачі можуть:

• подавати задачі до черги за допомогою команд sbatch або srun;

• переглядати стан задач за допомогою squeue;

• отримувати інформацію про доступні ресурси (sinfo);

• завершувати або скасовувати задачі (scancel)

Для коректної та ефективної роботи з кластером рекомендується:

• коректно вказувати запитувані ресурси (кількість CPU, обсяг пам’яті, GPU);

• використовувати файли сценаріїв (job scripts) для запуску довготривалих задач;

• уникати перевикористання ресурсів і запуску надмірної кількості задач;

• регулярно перевіряти статус своїх задач.

Збереження даних

Користувачам обчислювального кластера МЦКМ надається дисковий простір для збереження результатів обчислень та проміжних даних у директорії /scratch/users.

Каталог /scratch/users/ призначений для тимчасового зберігання даних, отриманих у процесі виконання обчислювальних задач.

Рекомендується:

• зберігайти у каталозі /scratch/users/ лише дані, пов’язані з активними обчисленнями;

• регулярно переносити важливі результати до довготривалих сховищ;

• не використовувати /scratch для постійного зберігання даних або резервних копій;

• дані, що не використовуються протягом тривалого часу, можуть бути автоматично видалені.

Програмне забезпечення та модульне середовище

На обчислювальному кластері МЦКМ використовується модульна система керування програмним забезпеченням (Environment Modules), яка дозволяє гнучко налаштовувати програмне середовище користувача без конфліктів між різними версіями бібліотек і компіляторів.

Для перегляду доступних програмних модулів використовується команда module avail, а для завантаження відповідних модулів module load [module name].

Модульне середовище включає:

• компілятори (GNU Compiler Collection, i.e. gcc, g++, gfortan),

• MPI-реалізації (OpenMPI),

• GPU-інструменти (CUDA),

• математичні бібліотеки (GSL, OpenBLAS, ScaLAPACK, FFTW, PETSc, Trilinos тощо),

• засоби збірки та керування ПЗ (CMake, EasyBuild, Spack),

• різноманітні бібілотеки та утиліти,

• програмні пакети для моделювання (GROMACS, LAMMPS тощо).

Детальніша інформація щодо користування кластером МЦКМ надається групою Підтримки кластера.